Un équipement d’identification bactérienne robuste, rapide et bas coût pour les pays en voie de développement

Un dispositif d’imagerie sans lentille développé par le CEA (Leti/IRIG) va être spécialement adapté aux conditions environnementales régnant dans les pays d’Afrique subsaharienne. Peu couteux, il permet une identification rapide des espèces bactériennes.

Selon l’OMS, les résistances aux antibiotiques vont devenir un problème de santé publique majeur dans les années à venir et provoquer dix millions de morts par an dès 2050 si rien n’est fait d’ici là. Alors que les techniques de spectrométrie de masse classiquement utilisées pour identifier les espèces bactériennes nécessitent des équipements couteux, développer un système de diagnostic rapide, efficace et accessible est un enjeu majeur notamment pour les pays en développement. Le CEA, qui travaille depuis des années sur un système d’imagerie sans lentille (LensFree), propose de l’adapter aux contraintes des pays d’Afrique subsaharienne dans le cadre du projet européen Simble.

Le principe du dispositif repose sur l’analyse de la signature optique des cultures bactériennes : illuminées par une source semi-cohérente, les colonies bactériennes diffusent la lumière. Les motifs de diffraction, caractéristiques de chaque espèce bactérienne, sont enregistrés sur un capteur CMOS puis analysés par des algorithmes d’intelligence artificielle. Ces derniers, qui donnent déjà un taux d’identification correct à l’espèce supérieur à 95% sur une base de données acquises sur des espèces de laboratoire, vont progressivement être améliorés pour se confronter à la diversité des échantillons biologiques. Parallèlement, l’équipement de diagnostic va être « tropicalisé », c’est-à-dire rendu résistant à la poussière, à l’humidité et à une alimentation électrique peu fiable.

Plus rapide que les méthodes de spectrométrie classiques qui nécessitent 24 heures de culture, ce dispositif bas coût devrait permettre une identification précoce des espèces et une adaptation des traitements au plus tôt. S’il s’avère efficace et rapide dans son diagnostic, son déploiement, qui commencera au Burkina Faso et au Bénin, pourrait largement dépasser le cadre des pays en développement.

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